Lonnerstadt wurde am 5. Oktober 910 erstmals urkundlich erwähnt. König Ludwig IV. (genannt das Kind) bestätigte verschiedene Kauf- und Tauschgeschäfte des Eichstätter Bischofs Erchanbald mit Adeligen aus dem Raum Eichstätt (MGH DD Die Urkunden Zwentibolds und Ludwig des Kindes Nr. 74/5). Da Ludwig IV. zehn Tage später im nur 25 Kilometer entfernten Forchheim urkundete, wird das Urkundenfragment, von dem nur Eschatokoll und Regest erhalten sind, allgemein als echt betrachtet.^[4][5] 

Lonnerstadt liegt zusammen mit Mailach, Uehlfeld und Wachenroth in einer Ansammlung von Orten mit vorfränkisch-thüringisch geprägten Namen innerhalb eines dann in der Folge fränkisch und teilweise slawisch beeinflussten Ortsnamengebiets. Dies deutet, zusammen mit der Tatsache, dass Lonnerstadt die Urpfarrei des gesamten mittleren Aischgrunds von Uehlfeld über Höchstadt an der Aisch bis Medbach war, auf ein hohes Alter des Ortes hin. Der Kirchenpatron St. Oswald weist auf die erste Welle der angelsächsischen Mission um 720 hin. So sind zum Zeitpunkt der urkundlichen Erstnennung eine Kirche und ein adeliger Herrenhof mit Zubehör sicher anzunehmen. Die Kirche von Lonnerstadt wird gelegentlich als Slawenkirche aus der Zeit der Slawenmission Karls des Großen bezeichnet, dürfte jedoch älter sein als diese um 780 in Auftrag gegebenen Kirchen. Wachenroth und Mühlhausen im Tal der Reichen Ebrach sind jedoch gut als von Lonnerstadt abgetrennte Slawenkirchen vorstellbar.

St. Oswald Kirche

Um 1003 erscheint Lonnerstadt mit anderen Orten der Umgebung in einer Schenkung des Markgrafen Heinrich/Ezilo von Schweinfurt an das Kloster Fulda, vermutlich eine als Schenkung verschönte Zwangsabtretung nach dessen gescheitertem Aufstand gegen König Heinrich II.^[6] Es ist aber, wie alle anderen genannten Orte, nicht bei Fulda verblieben; vielmehr scheint im 11. und 12. Jahrhundert Lonnerstadt im Besitz oder zumindest unter der Gerichtshoheit der Grafen von Höchstadt gestanden zu haben.^[7] 

Nach dem Aussterben des letzten Grafen, Hermann von Stahleck, der in die Familie der Staufer eingeheiratet hatte und von seinem königlichen Schwager Konrad III. 1142 zum Pfalzgrafen bei Rhein ernannt worden war, kamen Höchstadt und sein Umland 1156 an das Hochstift Bamberg. Dieses hatte durchgehend die hohe Gerichtsbarkeit über Lonnerstadt.

Eine Urkunde von 1135, in der Graf Goswin von Höchstadt als Zeuge auftrat, zeigt, dass auch die Würzburger Bischöfe dort Besitz an Grund und Leibeigenen hatten.^[8] Im 12. und 13. Jahrhundert erschienen örtliche Adelige als Ministerialen der Bamberger Kirche. Die bis heute erhaltene evangelische St.-Oswald-Kirche wurde über einem älteren Kern erbaut, der Turmunterbau der Chorturmkirche im 14./15. Jahrhundert, das Turmobergeschoss mit Zwiebelhaube 1715–17, das Langhaus 1835/36.

Der Dreißigjährige Krieg traf Lonnerstadt hart, da es an einer strategisch günstigen Stelle gelegen war: Von 1619 bis 1629 diente es unterschiedlichen Truppen immer wieder als Quartier, 1631 fielen schwedische Truppen ein, 1632 plünderten und brandschatzten die kroatischen Söldner Tillys den Ort.^[9]

Ehemaliges Nürnberger Amtsschloss

Gegen Ende des 18. Jahrhunderts gab es in Lonnerstadt 95 Anwesen. Das Hochgericht übte das bambergische Centamt Höchstadt aus. Die Dorf- und Gemeindeherrschaft hatten das Kastenamt Höchstadt, die nürnbergische Landesalmosenamt-Vogtei Lonnerstadt und der Amtsknecht der würzburgischen Amtskellerei Schlüsselfeld inne. Das Kastenamt Höchstadt jedoch beanspruchte diese für sich alleine. Grundherren waren das Kastenamt Höchstadt (11 Güter, 3 Gütlein, 1 Sölde, 4 Häuser, 2 Schenkstätten, 1 Häuslein), die Vogtei Lonnerstadt (3 Höfe, 18 Sölden), der Nürnberger Eigenherr von Imhoff (2 Güter), Brandenburg-Bayreuth (Kasten- und Jurisdiktionsamt Dachsbach: 1 Schenkstätte; Klosteramt Frauenaurach: 1 Dreiviertelhof, 1 Halbhof, 1 Viertelhof, 6 Güter, 2 Häuser, 1 Mühle), die Amtskellerei Schlüsselfeld (6 Höfe, 18 Sölden), die Schönborn’sche Herrschaft Pommersfelden (1 Wirtshaus, 1 Gut, 1 Sölde), das Rittergut Vestenbergsgreuth (5 Güter) und die Pfarrei Höchstadt (1 Hof, 1 Sölde). An gemeindlichen Gebäuden gab es 1 Sölde und 1 Haus.

1802 kam Lonnerstadt an Bayern mit Ausnahme der Nürnberger Untertanen, die erst 1806 an Bayern fielen. Im Rahmen des Gemeindeedikts wurde 1808 der Steuerdistrikt Lonnerstadt gebildet, zu dem Ailsbach und Fetzelhofen gehörten. Mit dem Zweiten Gemeindeedikt (1818) wurden zwei Ruralgemeinden gebildet:

• Fetzelhofen mit Ailsbach
• Lonnerstadt

Die Gemeinde Lonnerstadt war in Verwaltung und Gerichtsbarkeit dem Landgericht Höchstadt zugeordnet und in der Finanzverwaltung dem Rentamt Höchstadt.

In der freiwilligen Gerichtsbarkeit unterstanden 2 Anwesen den Freiherren von Imhoff (bis 1823), 5 Anwesen dem Patrimonialgericht Vestenbergsgreuth (bis 1848) und 3 Anwesen dem PG Pommersfelden (bis 1848).^[11] Ab 1862 gehörte Lonnerstadt zum Bezirksamt Höchstadt an der Aisch (1938 in Landkreis Höchstadt an der Aisch umbenannt) und weiterhin zum Rentamt Höchstadt (1920–1929 Finanzamt Höchstadt, 1929–1972: Finanzamt Forchheim, seit 1972: Finanzamt Erlangen). Die Gerichtsbarkeit blieb bis 1879 beim Landgericht Höchstadt, von 1880 bis 1959 war das Amtsgericht Höchstadt an der Aisch zuständig, von 1959 bis 1973 das Amtsgericht Forchheim, seitdem ist es das Amtsgericht Erlangen. Die Gemeinde hatte ursprünglich eine Gebietsfläche von 11,008 km².

Am 1. Januar 1972 wurde die bis dahin selbständige Gemeinde Fetzelhofen eingegliedert. Mailach kam am 1. Mai 1978 hinzu.